En 1993 se abrió una nueva instancia en la historia del Museo al concretarse, luego de largas negociaciones, la cesión por parte de la familia Leiva-Pérez de la Torre de la antigua casona ubicada en la calle Ituzaingó y Adolfo Alsina, concretada con la aprobación de la Ordenanza N° 2881 del 4 de noviembre de 1993, por la que se aceptó la donación de la propiedad con cargo para ser destinada a Museo Histórico. El inmueble fue declarado de Interés Municipal según Artículo 2º de la citada Ordenanza y años después, Monumento Histórico y Patrimonio Cultural de las Provincia de Buenos Aires por Ley Nº 12.333/99.
“La Jovita” es el nombre con el que Manuel José de la Torre -primer procurador municipal, en 1856- bautizó a la residencia familiar en honor a su esposa Jovita Godoy, constituyendo un excelente y único ejemplo que se conserva intacto, testimoniando las formas de vida de la burguesía surgente en nuestra ciudad hacia finales del siglo XIX. Construida en las últimas décadas de aquel siglo, fue habitada durante más de cien años por tres generaciones de esta familia, (Manuel José y Jovita, sus hijos: Carlos María y Ana María y los nietos: Ana América, Luis Arístides, Horacio Belisario, Manuel José, Hortensia y Ana María Pérez de la Torre) que supieron cobijar la presencia de ilustres visitantes como Domingo F. Sarmiento, Ricardo Balbín, Jorge Luis Borges, Raúl Alfonsín y Marta Mercader, entre otros.
A lo largo de este período, “La Jovita” sufrió transformaciones, conociendo momentos de esplendor, con animadas tertulias y alegres fiestas, pero también los momentos de decadencia que acompañó la ancianidad de los últimos habitantes de la casona, aferrados a las tradiciones familiares y evocaciones del pasado, dándole al lugar un clima de misterio y casi mágico para el imaginario colectivo.
Con la muerte de Manuel José y Ana María Pérez de la Torre, acaecida en 1987, la única hermana sobreviviente, Hortensia, quedó bajo los cuidados de su sobrino, el Dr. Joaquín H. Leiva, permaneciendo la casa deshabitada por espacio de seis años, hasta que sus herederos Ana Inés y Hernán Horacio Leiva, con el conocimiento y aprobación de su tía Hortensia, decidieron donar la propiedad al Municipio de Zárate.
Las condiciones edilicias en que se recibió la casona evidenciaban un avanzado estado de deterioro acompañado de la desbordante vegetación circundante. La tarea de recuperación llevó varias etapas y contó desde siempre, con la colaboración de ese grupo de amigos que conforman la Asociación del Museo, la dirección técnica de las arquitectas María Luisa Sorolla y Silvia Irene Baccino y con el apoyo de la Municipalidad y de la comunidad en general.
